Оборудование для проведения высокопроизводительного секвенирования
Ключевые различия между GS Junior и Genome Analyzer IIx
Ключевые различия между используемыми платформими заключаются в способе амплификации.
В основе клональной амплификации секвенаторов Roche лежит эмульсионная ПЦР (полимеразная цепная реауция, PCR в англоязычной литературе). Сгенерированная in-vitro ДНК-библиотека с боковыми адаптерами (окрашены оранжевым и бирюзовым цветами) амплифицируется с помощью ПЦР в водно-масляной эмульсии. Один из ПЦР-праймеров садится на поверхность микро-бусинок. Низкая концентрация фрагментов библиотеки позволяет добиться размещения на каждой микро-бусинке только одного фрагмента библиотеки и связаться с ним находясь в микроэмульсионном окружении. И после разрушения эмульсии и последующей амплификации на каждой микро-бусинке содержится размноженное число фрагментов из начальной библиотеки.
Принцип работы секвенаторов Illumina основан на мостиковой ПЦР (называемой также кластерной ПЦР). Сгенерированная in-vitro ДНК-библиотека амплифицируется с помощью ПЦР, но оба праймера с высокой плотностью расположены на поверхности твердой подложки. В результате амплификации из каждого фрагмента исходной библиотеки получаютя кластеры, расположенные в местах расположения первоначальных фрагментов библиотеки. После проведения ПЦР каждый клональный кластер содержит приблизительно тысячу копий каждого фрагмента исходной библиотеки. Поэтому при использовании технологии Solexa точное измерение концентрации шаблонной библиотки важно как для максимизации плотности расположения кластеров после амплификации, так и для предотвращения формирования избыточной плотности кластеров.
